В настройках инфоблока отметили только s1, а в админке s2 инфоблок всё равно в списке. Это штатно. Привязка к сайту ограничивает публичку: посетитель и компонент на s2 не должны выбирать элементы «чужого» сайта. Админка общая, инфоблок из неё не прячут.
Если данные двух организаций надо изолировать полностью, заводят отдельные инфоблоки. Если изоляция не нужна — один инфоблок и свойство «организация», в карточке выбирают принадлежность.
Симлинк ядра на второй домен сам по себе новые инфоблоки не создаёт. Галочка сайта — не «установка заново», а фильтр публичной привязки.
