Каркас магазина — не «сайт из десяти index.php». Это инфоблоки или highload, торговый каталог, компоненты с шаблонами, модули, почтовые события, агенты. Пока эта сетка не видна, любая доработка превращается в правку наугад.
Свой код кладут рядом: /local/, свой модуль, шаблон компонента в шаблоне сайта. Ядро и файлы модуля из Маркета после обновления перезапишутся. «Маленькая правка в bitrix/modules» через месяц стоит дороже, чем сделать нормальное расширение.
Компонент стоит понимать целиком: параметры, result_modifier.php, component_epilog.php, кеш. Копировать шаблон в свой и менять разметку — обычный путь. Копировать весь компонент «на всякий случай» — путь к двум правкам вместо одной, когда завтра выйдет обновление.
Инфоблок — не свалка. Свойства, множественность, привязка к разделам, торговые предложения: если это смешать «чтобы быстрее», фильтр и обмен с 1С разъедутся. Highload уместен для справочников, которые не обязаны быть элементами каталога.
Окружение тоже часть каркаса. VM, php.ini, права на upload, кеш — без этого «тормозит Битрикс» часто означает «тормозит сервер, который никто не смотрел». В кладовке на это есть отдельный раздел про VM.
